La Sierra de Quilmes o Cajón dividen al distrito en dos valles: Valle del Cajón y Valle del Yokavil al Sudoeste. Al recorrer los diferentes pueblos y calles podemos apreciar una gran arquitectura colonial que se destaca por sus construcciones de adobe. Cuenta con un gran número de sitios arqueológicos entre los que se encuentran el Valle del Yokavil y el Valle del Cajón pertenecientes a la Cultura Diaguita Calchaquí. Aquí se encuentran los primeros vestigios de la cultura de San José, estimada entre los años 900 y 1200 d.C.

San José cuenta con la riqueza del paisaje típico norteño y con extensos valles rodeados de cadenas montañosas. La geografía del distrito contiene los más diversos contrastes desde áridas y coloridas extensiones como el Campo de Los Pozuelos, Paloma Yaco, El Ingenio, Famabalasto y Vallecito; hasta lugares donde abundan las aguas tanto de deshielo de los Nevados de Aconquija como las del Río Santa María que bañan y embellecen a las localidades de Ampajango, Andalhuala, Entre Ríos, El Tesoro, Buey Muerto, Cerrillos, Pajanguillo y las Abritas. La localidad de San José reúne en su naturaleza todos los contrastes y la posibilidad de vivir una nueva aventura.