El museo atesora una riquísima colección de más de 1000 piezas arqueológicas. Piezas arqueológicas pertenecientes a las distintas culturas que poblaron el territorio desde hace más de 10.000 años, se exhiben en sus dos salas, destacándose por sus modelaos y colores las pertenecientes a la Cultura Cóndor Huasi, de allí el nombre del museo. Se pueden observar desde antiguos objetos de piedra tallada usados por cazadores – recolectores hasta aquellos utilizados por los habitantes contemporáneos a la conquista española. En todos los casos los bienes culturales evidencian un conocimiento y manejo de la técnica lítica, metalúrgica, cerámica, ósea, entre otras.